Los 76ers finalizarían la temporada 2006-07 con un global de 35-47. En el draft de ese mismo año, los Sixers eligieron a Thaddeus Young, y, tras una serie de operaciones con Miami Heat y Portland Trail Blazers, se quedaron finalmente con el jugador de Utah Jazz Herbert Hill. De los ocho Balones de Oro cuatro fueron compartidos con el de mejor jugador de la FIFA, cuando el premio se unificó. En agosto de 2012, los 76ers formaron parte del traspaso a cuatro bandas que llevó a Dwight Howard a Los Angeles Lakers; enviando rondas y elecciones de draft y Nikola Vučević a Orlando Magic y a Andre Iguodala a Denver Nuggets, los Sixers obtuvieron al pívot Andrew Bynum procedente de Los Ángeles y a Jason Richardson desde Orlando. Durante la primera parte, los 30 equipos divididos en seis grupos jugarán cuatro partidos. A pesar de ello, fueron eliminados en primera ronda por Detroit Pistons en seis partidos. En la segunda ronda, Detroit Pistons venció a los 76ers en seis encuentros. Debido al bajo rendimiento del equipo, el entrenador Maurice Cheeks fue despedido en diciembre y fue reemplazado por su asistente Tony DiLeo, con quien mejoraron y finalizaron la campaña con un récord de 41-41. En primera ronda de playoffs se vieron las caras con los Orlando Magic, a la postre finalistas de la NBA, cayendo eliminados por 4-2 tras llegarse a adelantarse en la serie ganando dos de los tres primeros encuentros.
La temporada se inicia con controversia, pues se reporta que Embiid tampoco podrá debutar ese año y Dario Šarić anuncia que permanecerá en Europa otro año más. Ayers duró 52 partidos al frente del equipo, pues fue despedido cuando el equipo llevaba un récord de 21-31. Chris Ford tomó su lugar, pero los Sixers terminaron la temporada 33-49, faltando a los playoffs por primera vez en seis años. Y acto seguido, sobre ese colchón de franela que le envolvía el estómago y vientre, mi gigante se endilgó un camisetón de lana, exclusivamente útil para ir al polo; pues en otra región lo haría sudar a un esquimal. Con 39,3 décimas de segundo para concluir el partido, el rebote que se le dio a James tendría que haber sido de Wallace. También se redefinió el logo y la equipación de la franquicia, retornando a los clásicos de entre los años 1977 y 1997. En diciembre de 2009, tres años después de la marcha de su gran superestrella, se anunció el retorno de Allen Iverson por un año, quien «debutó» en un partido, precisamente, contra Denver Nuggets en un estadio repleto, aunque en esta ocasión con un rol secundario.
Esto se consumó en diciembre de 2006 después de meses de rumores sobre la marcha de The Answer del equipo; Iverson era traspasado a Denver Nuggets y se ponía fin a 11 años de estancia de Allen Iverson en la franquicia de la ciudad del amor fraternal y a una era marcada por el propio Iverson y por el fracaso de una gerencia en encontrarle un gran acompañante a la polémica superestrella. El 19 de diciembre de 2006 Allen Iverson, junto con Ivan McFarlin, fueron enviados a Denver Nuggets a cambio de Andre Miller, Joe Smith y dos elecciones de primera ronda en el draft. Para la temporada siguiente, O’Brien fue despedido y reemplazado por Maurice Cheeks, quien había jugado para el equipo entre 1978 y 1989 siendo el base titular del equipo campeón de 1983. Sin embargo, el cambio de entrenador no mejoró la situación del equipo. Se considera el inicio de esta etapa cuando, durante el draft de 2013, Hinkie traspasó al mejor jugador del equipo, el All-Star Jrue Holiday, a New Orleans Pelicans a cambio del pívot drafteado ese año, Nerlens Noel, y una elección de primera ronda de 2014 que se transformaría en Elfrid Payton. En enero de 2007, el gerente general de los Sixers, Billy King, anunció que el equipo y el ala-pívot Chris Webber habían llegado a un acuerdo de rescisión de contrato, los Sixers le pagarían a Webber 36 millones de dólares durante la siguiente temporada y media, que representa 7 millones menos de lo que le hubieran pagado por jugar.
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